Na sua Sede Guapimirim é possível identificar diversas estruturas em ruínas, provavelmente de terraços de uma antiga fazenda, onde se acredita ter existido um sistema de produção econômica (plantio, colheita e processamento) da Quina Calysaia. Segundo o Plano de Manejo do Parque, a Fazenda Barreira do Soberbo, onde hoje funciona o Centro de Visitantes da Sede, pertenceu a Henrique Dias, recebeu apoio financeiro do Império, em 1844, para o cultivo da quina, de onde é extraído o quinino, medicamento utilizado até hoje para combater a malária.
Em 1876, o Imperador D. Pedro II veio pessoalmente avaliar a produção, que abastecia o Exército Brasileiro durante a Guerra do Paraguai. Em 1880, registravam-se 12.000 pés de quina e 10.000 mudas em viveiros. Nas ruínas foi identificado um muro que parece ter pertencido à estrutura de contenção ou de secagem da quina ou ainda a um reservatório de água. Uma das canaletas de pedra encontradas teria como funções coletar e canalizar águas da parte mais alta da propriedade até a área onde a quina era moída para extração do seu princípio ativo. Possivelmente, a tecnologia de construção do muro pode ser da mesma época das construções da Floresta da Tijuca.
Entre 2002 e 2003, um levantamento preliminar realizado por arqueólogos do Museu Nacional-UFRJ fez uma avaliação do local onde se encontram as ruínas e há a possibilidade de que tais estruturas sejam remanescentes do citado sistema de produção da quina. Esse levantamento demonstra o potencial da área para pesquisa arqueológica, permitindo a elaboração de projetos de pesquisa que possibilitem reconhecer as ruínas encontradas como Patrimônio Arqueológico, e cujos dados gerados iluminem um pouco mais da história da região e do Rio de Janeiro no século XIX; destacando-se, também, a importância do Parque Nacional da Serra dos Órgãos para a conservação, pesquisa e divulgação do Patrimônio Cultural Brasileiro.
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